Режиссёром проекта выступил Илья Учитель, сын знаменитого Алексея Учителя. До «Летучего корабля» он работал над нашумевшим фильмом «Стрельцов» с Александром Петровым в главной роли. Сценаристом, переработавшим знакомый сюжет, стал Константин Челидзе — он также работал над «Стрельцовым» вместе с Ильёй Учителем.
Отдельно стоит сказать о работе команды художников, Сергея Февралёва, Тимура Шагиахмедова и Надежды Васильевой. Каждый из них не новичок в своём деле и имеет большой опыт. Так, например, Сергей Февралёв участвовал в съёмках «Северного ветра», Тимур Шагиахмедов — в съёмках «Караморы», а Надежда Васильева — в съёмках «По щучьему велению». Если посмотреть на кадры из фильма, можно увидеть, какую огромную работу проделала команда: костюмы создавались для проекта вручную.
Ну и конечно, не забудем о музыке, ведь это музыкальный фильм. Композитором «Летучего корабля» выступил Савва Розанов, также работавший над «Стрельцовым». Впрочем, без любимых мелодий Максима Дунаевского и Юрия Энтина не обойдётся: обещают, что в кино мы услышим и арию Водяного, и знаменитую песню «А я не хочу, не хочу по расчёту».